第1話 俺が大だ!コカトリモン襲来

第2話 燃えろ怒りのデジソウル 闇にひそむフライモン

第3話 帰ってきた天才トーマ!メラモンをぶっとばせ

第4話 新チーム初出動!ドリモゲモンを追え!

第5話 デジタルワールド突入!ドリモゲモンの罠

第6話 大・アグモンコンビ解消!? 疾風ガルルモンの罠

第7話 トーマの休日 爆裂ボンバーナニモン

第8話 ヨシノ玉の輿ゲット!?クリサリモンの影

第9話 トーマ栄光なき戦い 暗躍トゲモン

第10話 マサル人生最悪の日 いたずらソウルモン

第11話 親子の絆を取り戻せ イビルモンの幻惑

第12話 知香はボクが守る!ピヨモンの決意

第13話 マサル新たなる力 進化!ライズグレイモン

第14話 デジモン少年イクト 森の番人ジュレイモン

第15話 母さんの想い出 吠えろマッハガオモン

第16話 仲間はファルコモン!?モーレツ！ブロッサモン

第17話 奇跡を呼ぶ歌声 ライラモン進化

第18話 DATSチーム全滅!?激突メルクリモン

第19話 標的はイクト!?ゴツモンの企み

第20話 母親を救え、イクト ハグルモンの檻

第21話 人間界大パニック デジモン軍団進撃

第22話 倒せ究極体!怒涛サーベルレオモン

第23話 再び、デジタルワールドへ インセキモン大暴れ

第24話 明かされる過去 非情!魏ズモン：AT

第25話 倉田の野望をくだけ 飛翔ヤタガラモン

第26話 マサル記憶消去 失われた絆

第27話 倉田を追え デジモン殲滅作戦始動!

第28話 進化不可能!デジヴァイス崩壊

第29話 よみがえるデジヴァイス 新たなる輝き

第30話 とらわれの大 聖なる都の罠

第31話 天才対決! トーマvsナナミ

第32話 猛攻倉田軍団 聖なる都を守れ

第33話 最後の決戦!聖（コウキ）、究極進化

第34話 決別の日 最強の敵・トーマ!

第35話 破滅のパワー シャイングレイモン暴走

第36話 魔王ベルフェモン復活

第37話 目覚めよアグモン ベルフェモンを倒せ！

第38話 バーストモード 究極を超える力

第39話 人間界消滅!イグドラシルの決断

第40話 最強騎士団 ロイヤルナイツ集結!

第41話 拳でたしかめろ!父さんの想い

第42話 トーマ決意のバーストモード

第43話 力こそ正義! 獣騎士ドゥフトモン

第44話 砕け! クレニアムモンの最強の盾

第45話 男と男のタイマン勝負! 大vs英

第46話 衝撃! バンチョーレオモンの真実

第47話 未来を守れ! DATS最後の戦い

第48話 完全決着! さらばケンカ番長（終）